Lecture/Ecriture au format HDF5. Plus de détails...

#include <arcane/hdf5/Hdf5ReaderWriter.h>

Graphe d'héritage de Arcane::Hdf5ReaderWriter:

Graphe de collaboration de Arcane::Hdf5ReaderWriter:

Types publics
enum	eOpenMode { OpenModeRead , OpenModeTruncate , OpenModeAppend }

Fonctions membres publiques
	Hdf5ReaderWriter (ISubDomain *sd, const String &filename, const String &m_sub_group_name, Integer fileset_size, Integer write_index, Integer index_modulo, eOpenMode om, bool do_verif=false)

virtual void	initialize ()

virtual void	beginWrite (const VariableCollection &vars)

virtual void	endWrite ()

virtual void	beginRead (const VariableCollection &vars)

virtual void	endRead ()

virtual void	setMetaData (const String &meta_data)
	Positionne les infos des méta-données.

virtual String	metaData ()
	Méta-données.

virtual void	write (IVariable v, IData data)
	Ecrit les données data de la variable var.

virtual void	read (IVariable v, IData data)
	Lit les données data de la variable var.

herr_t	iterateMe (hid_t group_id, const char *member_name)

Fonctions membres publiques hérités de Arcane::TraceAccessor
	TraceAccessor (ITraceMng *m)
	Construit un accesseur via le gestionnaire de trace m.

	TraceAccessor (const TraceAccessor &rhs)
	Constructeur par recopie.

TraceAccessor &	operator= (const TraceAccessor &rhs)
	Opérateur de recopie.

virtual	~TraceAccessor ()
	Libère les ressources.

ITraceMng *	traceMng () const
	Gestionnaire de trace.

TraceMessage	info () const
	Flot pour un message d'information.

TraceMessage	pinfo () const
	Flot pour un message d'information en parallèle.

TraceMessage	info (char category) const
	Flot pour un message d'information d'une catégorie donnée.

TraceMessage	pinfo (char category) const
	Flot pour un message d'information parallèle d'une catégorie donnée.

TraceMessage	info (bool v) const
	Flot pour un message d'information.

TraceMessage	warning () const
	Flot pour un message d'avertissement.

TraceMessage	pwarning () const

TraceMessage	error () const
	Flot pour un message d'erreur.

TraceMessage	perror () const

TraceMessage	log () const
	Flot pour un message de log.

TraceMessage	plog () const
	Flot pour un message de log.

TraceMessage	logdate () const
	Flot pour un message de log précédé de la date.

TraceMessage	fatal () const
	Flot pour un message d'erreur fatale.

TraceMessage	pfatal () const
	Flot pour un message d'erreur fatale en parallèle.

TraceMessageDbg	debug (Trace::eDebugLevel=Trace::Medium) const
	Flot pour un message de debug.

Trace::eDebugLevel	configDbgLevel () const
	Niveau debug du fichier de configuration.

TraceMessage	info (Int32 verbose_level) const
	Flot pour un message d'information d'un niveau donné

TraceMessage	linfo () const
	Flot pour un message d'information avec le niveau d'information local à cette instance.

TraceMessage	linfo (Int32 relative_level) const
	Flot pour un message d'information avec le niveau d'information local à cette instance.

void	fatalMessage (const StandaloneTraceMessage &o) const

Fonctions membres publiques hérités de Arcane::IDataReader
virtual	~IDataReader ()
	Libère les ressources.

Fonctions membres publiques hérités de Arcane::IDataWriter
virtual	~IDataWriter ()
	Libère les ressources.

Fonctions membres privées
void	_writeVal (const String &var_group_name, const String &sub_group_name, const ISerializedData *sdata, const Int32 from_rank=0)

void	_writeValParallel (IVariable v, const ISerializedData sdata)
	Ecriture en parallèle.

void	_readVal (IVariable var, IData data)

Ref< ISerializedData >	_readDim2 (IVariable *v)

void	_directReadVal (IVariable v, IData data)

void	_directWriteVal (IVariable v, IData data)

void	_checkValid ()

String	_variableGroupName (IVariable *var)

void	_receiveRemoteVariables ()

void	_writeRemoteVariable (ISerializer *sb)

void	_setMetaData (const String &meta_data, const String &sub_group_name)

Attributs privés
IParallelMng *	m_parallel_mng
	Gestionnaire du parallélisme;.

eOpenMode	m_open_mode
	Mode d'ouverture.

String	m_filename
	Nom du fichier.

String	m_sub_group_name
	Nom du fichier.

bool	m_is_initialized
	Vrai si déjà initialisé

Hdf5Utils::StandardTypes	m_types

Hdf5Utils::HFile	m_file_id
	Identifiant HDF du fichier.

Hdf5Utils::HGroup	m_sub_group_id
	Identifiant HDF du groupe contenant la protection.

Hdf5Utils::HGroup	m_variable_group_id
	Identifiant HDF du groupe contenant les variables.

StringList	m_variables_name
	Liste des noms des variables sauvées.

Timer	m_io_timer

bool	m_is_parallel
	Mode parallèle actif: ATTENTION: en cours de test uniquement.

Int32	m_my_rank

Int32	m_send_rank

Int32	m_last_recv_rank

Integer	m_fileset_size

Integer	m_index_write

Integer	m_index_modulo

Membres hérités additionnels
Fonctions membres protégées hérités de Arcane::TraceAccessor
void	_setLocalVerboseLevel (Int32 v)

Int32	_localVerboseLevel () const

Description détaillée

Lecture/Ecriture au format HDF5.

La version de Hdf5 utilisée est au moins la version 1.4.3.

En ce qui concerne les réels, on ne supporte que la double précision. Ils sont donc stockées sur 8 octets aussi.

Pour les Real2, Real2x2, Real3 et les Real3x3, on utilise un type composé.

La structure des informations sauvées est la suivante:

* toutes les variables sont sauvées dans un groupe qui s'appelle "Variables" * .
* pour chaque variable, un sous-groupe du nom de la variable est créé. Ce sous groupe contient les attributs et datasets suivants:
- * Un attribut de nom "Dims" qui est un tableau de 1 ou 2 éléments de type Integer qui contient les informations sur les tailles et dimensions de la variable. Cet attribut est toujours présent et sert entre autre à déterminer si les deux autres datasets sont présents. La première valeur (indice 0) est toujours le nombre d'éléments du tableau. Si la variable est un tableau à une dimension, il n'y a pas d'autres valeurs. Si le tableau est bi-dimensionnel, la deuxième valeur est égale à la taille de la première dimension du tableau, les tailles de la deuxième dimensions étant données par l'attribut "Dim2".
- * Un dataset de nom "Dim2". Ce dataset n'est présent que si la variables est du genre tableau à deux dimensions, lorsque la première dimension n'est pas nulle et que le nombre d'éléments n'est pas nul. Dans ce cas, ce dataset est un tableau de type Integer dont la taille est égale à celle de la première dimension de la variable et donc chaque valeur est égale à la taille de la deuxième dimension.
- * Un dataset de nom "Values" contenant les valeurs de la variables. Ce dataset n'est pas présent dans le cas d'une variable de genre tableau dont le nombre d'éléments est nul ou lorsque la variable est temporaire (propriété IVariable::PNoDump). *

A faire: sauve/relit la liste des groupes d'entités du maillage.

Avertissement: * La gestion des lecture/ecriture dans ce format est à l'heure actuelle au stade expérimental et ne peut pas être utilisée pour assurer une persistence à long terme des données.

Définition à la ligne 75 du fichier hdf5/Hdf5ReaderWriter.h.

Documentation des énumérations membres

◆ eOpenMode

enum Arcane::Hdf5ReaderWriter::eOpenMode

Définition à la ligne 83 du fichier hdf5/Hdf5ReaderWriter.h.

Documentation des constructeurs et destructeur

◆ Hdf5ReaderWriter()

Arcane::Hdf5ReaderWriter::Hdf5ReaderWriter	(	ISubDomain *	sd,
		const String &	filename,
		const String &	m_sub_group_name,
		Integer	fileset_size,
		Integer	write_index,
		Integer	index_modulo,
		eOpenMode	om,
		bool	do_verif = false )

Définition à la ligne 77 du fichier Hdf5ReaderWriter.cc.

◆ ~Hdf5ReaderWriter()

Arcane::Hdf5ReaderWriter::~Hdf5ReaderWriter ( )

Définition à la ligne 211 du fichier Hdf5ReaderWriter.cc.

Documentation des fonctions membres

◆ _checkValid()

void Arcane::Hdf5ReaderWriter::_checkValid ( )

private

Définition à la ligne 219 du fichier Hdf5ReaderWriter.cc.

◆ _directReadVal()

void Arcane::Hdf5ReaderWriter::_directReadVal	(	IVariable *	v,
		IData *	data )

private

Définition à la ligne 266 du fichier Hdf5ReaderWriter.cc.

◆ _directWriteVal()

void Arcane::Hdf5ReaderWriter::_directWriteVal	(	IVariable *	v,
		IData *	data )

private

Définition à la ligne 277 du fichier Hdf5ReaderWriter.cc.

◆ _readDim2()

Ref< ISerializedData > Arcane::Hdf5ReaderWriter::_readDim2 ( IVariable * v )

private

Définition à la ligne 444 du fichier Hdf5ReaderWriter.cc.

◆ _readVal()

void Arcane::Hdf5ReaderWriter::_readVal	(	IVariable *	var,
		IData *	data )

private

Définition à la ligne 573 du fichier Hdf5ReaderWriter.cc.

◆ _receiveRemoteVariables()

void Arcane::Hdf5ReaderWriter::_receiveRemoteVariables ( )

private

Définition à la ligne 744 du fichier Hdf5ReaderWriter.cc.

◆ _setMetaData()

void Arcane::Hdf5ReaderWriter::_setMetaData	(	const String &	meta_data,
		const String &	sub_group_name )

private

Définition à la ligne 653 du fichier Hdf5ReaderWriter.cc.

◆ _variableGroupName()

String Arcane::Hdf5ReaderWriter::_variableGroupName ( IVariable * var )

private

Définition à la ligne 230 du fichier Hdf5ReaderWriter.cc.

◆ _writeRemoteVariable()

void Arcane::Hdf5ReaderWriter::_writeRemoteVariable ( ISerializer * sb )

private

Définition à la ligne 769 du fichier Hdf5ReaderWriter.cc.

◆ _writeVal()

void Arcane::Hdf5ReaderWriter::_writeVal	(	const String &	var_group_name,
		const String &	sub_group_name,
		const ISerializedData *	sdata,
		const Int32	from_rank = 0 )

private

Définition à la ligne 314 du fichier Hdf5ReaderWriter.cc.

◆ _writeValParallel()

void Arcane::Hdf5ReaderWriter::_writeValParallel	(	IVariable *	v,
		const ISerializedData *	sdata )

private

Ecriture en parallèle.

Avertissement: En cours de test, pas utilisable.

< Nom du groupe.

Définition à la ligne 243 du fichier Hdf5ReaderWriter.cc.

Références Arcane::BasicSerializer::allocateBuffer(), Arcane::DT_Int32, Arcane::IVariable::fullName(), m_parallel_mng, m_sub_group_name, Arcane::ISerializer::ModePut, Arcane::BasicSerializer::put(), Arcane::BasicSerializer::putInt32(), Arcane::BasicSerializer::reserve(), Arcane::ISerializedData::serialize(), et Arcane::BasicSerializer::setMode().

Voici le graphe d'appel pour cette fonction :

◆ beginRead()

virtual void Arcane::Hdf5ReaderWriter::beginRead ( const VariableCollection & vars )

inlinevirtual

Implémente Arcane::IDataReader.

Définition à la ligne 106 du fichier hdf5/Hdf5ReaderWriter.h.

◆ beginWrite()

virtual void Arcane::Hdf5ReaderWriter::beginWrite ( const VariableCollection & vars )

inlinevirtual

Implémente Arcane::IDataWriter.

Définition à la ligne 101 du fichier hdf5/Hdf5ReaderWriter.h.

◆ endRead()

virtual void Arcane::Hdf5ReaderWriter::endRead ( )

inlinevirtual

Implémente Arcane::IDataReader.

Définition à la ligne 110 du fichier hdf5/Hdf5ReaderWriter.h.

◆ endWrite()

void Arcane::Hdf5ReaderWriter::endWrite ( )

virtual

Implémente Arcane::IDataWriter.

Définition à la ligne 717 du fichier Hdf5ReaderWriter.cc.

◆ initialize()

void Arcane::Hdf5ReaderWriter::initialize ( )

virtual

Définition à la ligne 122 du fichier Hdf5ReaderWriter.cc.

◆ iterateMe()

herr_t Arcane::Hdf5ReaderWriter::iterateMe	(	hid_t	group_id,
		const char *	member_name )

Définition à la ligne 303 du fichier Hdf5ReaderWriter.cc.

◆ metaData()

String Arcane::Hdf5ReaderWriter::metaData ( )

virtual

Méta-données.

Implémente Arcane::IDataReader.

Définition à la ligne 689 du fichier Hdf5ReaderWriter.cc.

Références Arcane::Array< DataType >::data(), et m_sub_group_id.

Voici le graphe d'appel pour cette fonction :

◆ read()

void Arcane::Hdf5ReaderWriter::read	(	IVariable *	var,
		IData *	data )

virtual

Lit les données data de la variable var.

Implémente Arcane::IDataReader.

Définition à la ligne 605 du fichier Hdf5ReaderWriter.cc.

◆ setMetaData()

void Arcane::Hdf5ReaderWriter::setMetaData ( const String & meta_data )

virtual

Positionne les infos des méta-données.

Implémente Arcane::IDataWriter.

Définition à la ligne 614 du fichier Hdf5ReaderWriter.cc.

Références Arcane::BasicSerializer::allocateBuffer(), Arcane::BasicSerializer::get(), m_is_parallel, m_parallel_mng, m_sub_group_name, Arcane::ISerializer::ModeGet, Arcane::ISerializer::ModePut, Arcane::BasicSerializer::put(), Arcane::BasicSerializer::reserve(), et Arcane::BasicSerializer::setMode().

Voici le graphe d'appel pour cette fonction :

◆ write()

void Arcane::Hdf5ReaderWriter::write	(	IVariable *	var,
		IData *	data )

virtual

Ecrit les données data de la variable var.

Implémente Arcane::IDataWriter.

Définition à la ligne 564 du fichier Hdf5ReaderWriter.cc.

Documentation des données membres

◆ m_file_id

Hdf5Utils::HFile Arcane::Hdf5ReaderWriter::m_file_id

private

Identifiant HDF du fichier.

Définition à la ligne 132 du fichier hdf5/Hdf5ReaderWriter.h.

◆ m_filename

String Arcane::Hdf5ReaderWriter::m_filename

private

Nom du fichier.

Définition à la ligne 126 du fichier hdf5/Hdf5ReaderWriter.h.

◆ m_fileset_size

Integer Arcane::Hdf5ReaderWriter::m_fileset_size

private

Définition à la ligne 147 du fichier hdf5/Hdf5ReaderWriter.h.

◆ m_index_modulo

Integer Arcane::Hdf5ReaderWriter::m_index_modulo

private

Définition à la ligne 149 du fichier hdf5/Hdf5ReaderWriter.h.

◆ m_index_write

Integer Arcane::Hdf5ReaderWriter::m_index_write

private

Définition à la ligne 148 du fichier hdf5/Hdf5ReaderWriter.h.

◆ m_io_timer

Timer Arcane::Hdf5ReaderWriter::m_io_timer

private

Définition à la ligne 137 du fichier hdf5/Hdf5ReaderWriter.h.

◆ m_is_initialized

bool Arcane::Hdf5ReaderWriter::m_is_initialized

private

Vrai si déjà initialisé

Définition à la ligne 128 du fichier hdf5/Hdf5ReaderWriter.h.

◆ m_is_parallel

bool Arcane::Hdf5ReaderWriter::m_is_parallel

private

Mode parallèle actif: ATTENTION: en cours de test uniquement.

Définition à la ligne 142 du fichier hdf5/Hdf5ReaderWriter.h.

Référencé par setMetaData().

◆ m_last_recv_rank

Int32 Arcane::Hdf5ReaderWriter::m_last_recv_rank

private

Définition à la ligne 145 du fichier hdf5/Hdf5ReaderWriter.h.

◆ m_my_rank

Int32 Arcane::Hdf5ReaderWriter::m_my_rank

private

Définition à la ligne 143 du fichier hdf5/Hdf5ReaderWriter.h.

◆ m_open_mode

eOpenMode Arcane::Hdf5ReaderWriter::m_open_mode

private

Mode d'ouverture.

Définition à la ligne 125 du fichier hdf5/Hdf5ReaderWriter.h.

◆ m_parallel_mng

IParallelMng* Arcane::Hdf5ReaderWriter::m_parallel_mng

private

Gestionnaire du parallélisme;.

Définition à la ligne 124 du fichier hdf5/Hdf5ReaderWriter.h.

Référencé par _writeValParallel(), et setMetaData().

◆ m_send_rank

Int32 Arcane::Hdf5ReaderWriter::m_send_rank

private

Définition à la ligne 144 du fichier hdf5/Hdf5ReaderWriter.h.

◆ m_sub_group_id

Hdf5Utils::HGroup Arcane::Hdf5ReaderWriter::m_sub_group_id

private

Identifiant HDF du groupe contenant la protection.

Définition à la ligne 133 du fichier hdf5/Hdf5ReaderWriter.h.

Référencé par metaData().

◆ m_sub_group_name

String Arcane::Hdf5ReaderWriter::m_sub_group_name

private

Nom du fichier.

Définition à la ligne 127 du fichier hdf5/Hdf5ReaderWriter.h.

Référencé par _writeValParallel(), et setMetaData().

◆ m_types

Hdf5Utils::StandardTypes Arcane::Hdf5ReaderWriter::m_types

private

Définition à la ligne 130 du fichier hdf5/Hdf5ReaderWriter.h.

◆ m_variable_group_id

Hdf5Utils::HGroup Arcane::Hdf5ReaderWriter::m_variable_group_id

private

Identifiant HDF du groupe contenant les variables.

Définition à la ligne 134 du fichier hdf5/Hdf5ReaderWriter.h.

◆ m_variables_name

StringList Arcane::Hdf5ReaderWriter::m_variables_name

private

Liste des noms des variables sauvées.

Définition à la ligne 136 du fichier hdf5/Hdf5ReaderWriter.h.

La documentation de cette classe a été générée à partir des fichiers suivants :

Types publics

Fonctions membres publiques

Fonctions membres privées

Attributs privés

Membres hérités additionnels

Description détaillée

Documentation des énumérations membres

◆ eOpenMode

Documentation des constructeurs et destructeur

◆ Hdf5ReaderWriter()

◆ ~Hdf5ReaderWriter()

Documentation des fonctions membres

◆ _checkValid()

◆ _directReadVal()

◆ _directWriteVal()

◆ _readDim2()

◆ _readVal()

◆ _receiveRemoteVariables()

◆ _setMetaData()

◆ _variableGroupName()

◆ _writeRemoteVariable()

◆ _writeVal()

◆ _writeValParallel()

◆ beginRead()

◆ beginWrite()

◆ endRead()

◆ endWrite()

◆ initialize()

◆ iterateMe()

◆ metaData()

◆ read()

◆ setMetaData()

◆ write()

Documentation des données membres

◆ m_file_id

◆ m_filename

◆ m_fileset_size

◆ m_index_modulo

◆ m_index_write

◆ m_io_timer

◆ m_is_initialized

◆ m_is_parallel

◆ m_last_recv_rank

◆ m_my_rank

◆ m_open_mode

◆ m_parallel_mng

◆ m_send_rank

◆ m_sub_group_id

◆ m_sub_group_name

◆ m_types

◆ m_variable_group_id

◆ m_variables_name